出口木質包裝除害處理目前有兩種方式：熏蒸處理（MB）,熱處理（HT）。這兩種處理方式和特點各不相同，熏蒸處理是藥物處理，也稱之為溴甲烷熏蒸處理，是一種高效殺蟲滅菌的除害處理辦法，但溴甲烷的沸點為3.6攝氏度，在氣溫低于6攝氏度時很難氣化的，特別是在冬天溫度低時對木質包裝熏蒸處理必將碰到施藥難得問題，同時也影響了熏蒸處理的有效性，而且熏蒸處理存在操作危險性，50米內禁止人畜進入。大氣臭氧層破壞大，受天氣變化影響較大，所以在發達國家提議限制直至終全面禁止溴甲烷熏蒸，從2003年限制并計劃到2015年起停止使用溴甲烷。目前我國也慢慢由原來的熏蒸處理改為熱處理。

 出口木質包裝在經過熱處理是在一定的溫度和持續時間內，使用溫熱空氣對木質包裝或木質材料進行處理，以殺滅木質包裝攜帶的有害生物。熏蒸處理對能否完全殺滅松材線蟲一直存在爭議，但熱處理在升到一定溫度能直接將所有有害生物包括松材線蟲都殺光的，熱處理木質包裝出爐不開裂，不會過分變形。